Szentpéterfa őskori történetéről keveset tudnak a kutatók, római kori múltjára is csak néhány előkerült lelet ad bizonyságot. 
A falu történetének első írásos dokumentuma 1221-ből való. A II. Endre által kiadott oklevél említést tesz a Ják felé vezető út melletti Szent Péter templomról. A későbbi középkori iratok már mint települést említik, Zentpeter (1227) és a Zenthpeturfalwa (1369) elnevezéssel.
A falut a kezdetekben a Jaak nemzetség birtokolta pornói apátsági központtal, majd III: Endre idején a monyorókeréki (ma Eberau – Ausztria) uradalom részévé vált. A következő évszázadokban azonban további tulajdonosváltásokra került sor. Nagy Lajos király 1369-ben a német származású Ellerbach családnak ajándékozta a birtokot. Később a velük szoros kapcsolatot ápoló Erdődy Bakócz Tamás jutott az uradalomhoz (1496), aki hamarosan kieszközölte az Erdődy Péternek történő átadást.

A 15. század török hódító hadjáratai során a Balkán félsziget és Dél-Európa országai sorra veszítették el a csatákat s ezzel együtt területeiket, váraikat és a hozzájuk tartozó falvakat. Ez időben számos nemesi családnak (Erdődy, Zrínyi, Batthyány, Nádasdy) voltak jelentős birtokai a déli, horvát területeken is. Az onnét menekülő horvát lakosságot igyekeztek saját, északabbra fekvő birtokaikon elhelyezni, részben a nyugati határvidék megerősítése céljából.
Így kezdődött el a horvátok letelepedése Szentpéterfán, Erdődy Péter idejében. Hogy melyek voltak pontosan azok a területek, amelyekről az őslakosság származik, nehezen állapítható meg. Több feltételezés az Erdődyek moslavinai birtokát jelöli meg ősi földnek.
A nyugat-magyarországi régióban egészen Pozsonyig találhatók azok a települések, amelyekben azóta is jelentős számú horvát kisebbség él. A 16. század elején áttelepültek a beilleszkedést megkönnyítő különböző kedvezményeket kaptak (több évi adómentesség, állandó munkalehetőség a birtokok központjában stb.). A szentpéterfai horvátok első említése is (1546) egy ilyen tehermentesítési kérelemhez kapcsolódik.
A különböző falvakban az újonnan jött lakosság eleinte kisebbségben volt, azonban hamarosan többségivé vált. Szentpéterfán egy 1617-es összeírásban még csak a vezetéknevek fele volt horvát, az 1697-es egyházi vizitáció szerint azonban már tisztán horvát falu. Számos településen az évszázadok során a horvátajkú lakosság teljesen asszimilálódott, mint pl. az egykori Erdődy birtokokon: Horvátnádalján, Felsőberkifaluban, Harasztifaluban, Nagykölkeden.

Az 1550-es években Erdődy Péter leányát eljegyezte Zrínyi Miklós, ezért egy csere folytán a monyorókeréki uradalom a Zrínyiek tulajdonába került. Az esküvőre azonban nem került sor, ezért a birtokot csak hosszantartó pereskedés útján tudta visszaszerezni 1613-ban az Erdődy család. Ebben az időszakban nem volt felhőtlen a lakosság sorsa, ugyanis mindkét nemesi család áttért a protestáns hitre. Így az „akié a birtok, azé a vallás” elv alapján a katolikus közösség folyamatos zaklatásnak volt kitéve Erdődy György rekatolizálásáig (1622).
A Bocskai István Őrvidék elleni hadjáratai során, majd a területet visszafoglaló császári hadsereg miatt sokat szenvedett a falu. A török ellenes harcok sem értek még véget, csak az szentgotthárdi győztes csata (1664) után jöttek viszonylag nyugalmasabb idők.
Az 1848-as jobbágyfelszabadítást követően Szentpéterfán is megindult a földek, rétek felosztása. A politikai viszonyok, a földesúr és egykori jobbágyai közötti érdekellentétek miatt a teljes rendezésre csak 1863-ban került végleg sor. Ez az év egyben az Erdődyek uralmának végét is jelentette.

Az önállósodás útjára lépett községben igen nehéz volt a megélhetés, ezért sokan vándoroltak ki Amerikába. 1904-ben már 65 fő keresett boldogulást Pennsylvania államban, majd őket még többen követtek.
Az I. világháború tovább tizedelte a megfogyatkozott lakosságot, az elesett áldozatok a száma kb. 40 főre tehető. A község elkeseredését pedig tovább fokozta, hogy 1916 augusztusában tűzvész következtében 19 ház égett le.
A trianoni békeszerződést követően Nyugat-Magyarország egy részét Ausztriához csatolták. Így Szentpéterfa is a szomszédos országhoz került, amit az osztrák katonák 1921 decemberi megszállása is nyomatékosított. A végleges határvonal meghúzása azonban a Magyar-Osztrák Határmegállapító Bizottság hatáskörébe tartozott. A község lakosságának nagy része Németh János tanító és Hirschl Ferenc községbíró vezetésével mindent elkövetett azért, hogy a falu visszakerüljön Magyarországhoz. A kitartó küzdelem 1923-ban meghozta eredményét. Ennek elismeréseként a község megkapta a Communitas Fidelissima – a Leghűségesebb Község címet.
1929 szeptemberében az előzőnél még nagyobb tűzvész pusztított Szentpéterfán, amelynek nyomán 52 ház égett le és 209 lakós vált hajléktalanná.
A II. világháború borzalmait mind a község polgárai, mid a különböző frontokon harcoló szentpéterfai katonák megszenvedték, akik közül 24-en nem tértek többé haza. Körülbelül két héten át, egészen 1945. május 8-ig folytak harcok a községben és környékén.
A háborút követően egy ideig az ország más részeiről menekülők egyik határ-átkelési pontja volt a település. Az 1949-es telepítésű műszaki zár valamelyest megállította ezt a folyamatot. Az ötvenes években a horvát nemzetiségű, katolikus érzelmű, határmenti község lakóit az államvédelmi szervek „kitüntetett figyelemben” részesítették. Napirenden voltak a zaklatások, letartóztatásokkal, kitelepítések. 1951-ben három családot hurcoltak el a Hortobágyra.
Ahogyan Magyarország más részein, így Szentpéterfán is az 1956-os forradalom után indult meg egy újabb kitelepedési hullám nyugat felé, amelynek végső állomása általában az USA volt. A „disszidenseknek” talán annyival volt könnyebb, hogy számíthattak a régi péterfaiak által 1913-ban alapított northamptoni Szent Péter és Pál Római Katolikus Betegsegélyező Egylet támogatására.
A rendszerváltást követően 1991-től nyílt határátkelőhely Szentpéterfa és Monyorókerék (Eberau) között. Ekkor kezdték el többen ismét gondozni a határ túloldalán maradt szőlőhegyet. A 2004-es EU csatlakozás végérvényesen megszüntette a határt Ausztria irányába.